«رشته علوم و مهندسی باغبانی» مجموعه‌­ای از علوم، فنون و هنر در زمینه­‌های گیاه شناسی، فیزیولوژی گیاهی، توسعه و بهبود روش‌‏های نوین میوه‌کاری، سبزی‌کاری، گل­‌کاری و گیاهان زینتی، گیاهان دارویی، بهبود کیفیت پس از برداشت محصول و کاهش ضایعات پس از برداشت و اصلاح ژنتیکی گیاهان باغبانی به روش‏‌های سنتی و نوین می‌‏باشد. باغبانی علم و هنر کشت، تکثیر، فرآوری و فروش گل­‌ها، میوه‌­ها، سبزی­‌ها ، گیاهان دارویی، معطر و زینتی است و در یک تعریف کلی باغباني‌ آميخته‌اي‌ از علم‌، هنر و حرفه‌ی کاشت، داشت و برداشت میوه، گل و گیاهان زینتی و سبزی است. هدف این رشته تربيت كارشناس علوم باغباني است كه كارش تلفيقي از علوم، تكنولوژي و هنر است. به عبارت دیگر تربیت افرادی که بتوانند به­‌عنوان کارشناس در زمینه‌های مختلف تولیدی، برنامه‌ریزی منطقه‌ای، و همچنین به عنوان مدرس در مراکز آموزش کشاورزی و یا مجری واحدهای تولیدی ، تعاونی و خصوصی بخش باغبانی و فضای سبز خدمت رسانی کنند. دانشجويان اين رشته ضمن كسب دانش و كارآيي در زمينه توليد ميوه، سبزي، گياهان دارويي و معطر در مورد طراحي فضاي سبز و اصلاح و تهيه نهال و بذر محصولات باغباني نیز آموزش مي‌بينند و با زمينه‌هاي علمي و فني و تكنيك‏هاي جديد كاشت، نگه‏داري و بهره‌برداري از درختان ميوه، سبزي‌‏ها، گل‏‌ها و درختان و درختچه‌های زينتي و گياهان دارويي و معطر آشنا مي‌شوند. طول دوره کارشناسی 4 سال است و دانش آموختگان این رشته مي‌توانند علاوه بر فعاليت در زمينه‌هاي توليدي، در بخش­‌هاي خصوصي، تعاوني و دولتي و نيز تحقيقات، آموزش و برنامه‌ريزي باغباني در سازمان‌ جهاد كشاورزي، دانشكده‌هاي كشاورزي، بنياد جانبازان، شهرداري‌‏ها و كشت و صنعت‌ها همكاري كنند.
 رشته علوم و مهندسی باغبانی از سال 1392 با کسب مجوز از شورای گسترش آموزش عالی با گزینش دانشجو در دو مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد در دل دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه اردکان تاسیس گردید. با تصویب شورای عالی گسترش، این رشته با سه گرایش در مقطع کارشناسی ارشد شامل گیاهان زینتی، درختان میوه و گیاهان دارویی مشغول به فعالیت می‌­باشد. در حال حاضر این گروه دارای پنج عضو هیأت علمی با مرتبه­‌ی دانشیار می‌­باشد.