«اهداف دانشکده»یکی از قدیمی‌ترین کانون‏‌های کاشت و برداشت محصولات پسته و انار در سطح استان یزد، شهرستان اردکان می‌باشد که در سال‏‌های اخیر با صادرات این محصولات به سایر کشورها، علاوه بر برطرف کردن بخشی از نیاز داخل کشور به این محصولات، برای کشور ارز آور بوده است. علاوه بر این، کشت گیاهان دارویی نیز در سال‌های اخیر در این منطقه توسعه فراوان داشته است. همچنین، استان یزد با داشتن حدود ۱۲۰۰ هکتار کشت گلخانه‌ای یکی از قطب‌های تولید محصولات گلخانه‌ای در کشور به شمار می‌رود. بنابراین دانشگاه اردکان به‌عنوان تنها دانشگاه دولتی استان که بخشی از رسالت آن تقویت مدیریت در بخش کشاورزی استان بر پایه شرایط زیست محیطی و منابع طبیعی حاکم بر منطقه، از طریق آموزش نیروی انسانی و تربیت متخصصین و همچنین اجرای طرح های پژوهشی در استان است، فعالیت آموزشی و پژوهشی دارد.
همچنین به‌دلیل این‌که استان یزد در مرکزی‌ترین نقطه کشور ایران و در محدوده فلات مرکزی با اقلیم خشک و فراخشک واقع شده است، سبب گردیده که منابع طبیعی به‌ویژه آب و پوشش گیاهی مراتع به‌عنوان محدودکننده‌های توسعه در این استان به شمار روند. لذا حفظ و گسترش مراتع، بیابان‌زدایی و اجرای هدفمند و علمی طرح‌های آبخیزداری به‌عنوان دغدغه اصلی برنامه‌ریزان حوزه منابع طبیعی استان به شمار می‌‏رود. همچنین به‌دلیل رشد صنایع در استان، حفظ و بهبود محیط زیست و به‌عبارتی بررسی و کنترل آلودگی‌های زیست محیطی به‌ویژه آلودگی‌‏های موجود در آب، خاک و هوا و همچنین بررسی‏‌های مربوط به حفظ تنوع زیستی در منطقه به‌عنوان اولویت ساکنین و برنامه‏‌ریزان محلی در حوزه محیط زیست قرار گرفته است. بنابراین دانشگاه اردکان با دارا بودن دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی شامل منطبق‏‌ترین گروه‏‌های آموزشی و پژوهشی با شرایط استان، درصدد است نیاز محلی و منطقه‌ای را در راستای رفع مشکلات موجود در حوزه کشاورزی، منابع طبیعی و محیط زیست استان برطرف سازد و شرایط را برای توسعه پایدار در منطقه فراهم آورد.