«دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه اردکان» در ابتدا با عنوان دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی به همت هیأت امنای مرکز آموزش عالی اردکان و با موافقت دانشگاه یزد در سال ۱۳۷۴ به عنوان یکی از واحدهای اقماری دانشگاه یزد و با پذیرش دانشجو در رشته کارشناسی ناپیوسته مرتع و آبخیزداری شروع به فعالیت کرد. روند پذیرش دانشجو تا سال ۱۳۸۳ در همین یک رشته ادامه داشت تا این‌که در مهرماه این سال، رشته محیط زیست در مقطع کارشناسی ناپیوسته و در سال ۱۳۸۶ کارشناسی ناپیوسته احیاء مناطق خشک و بیابانی راه­اندازی شد. پس از آن پذیرش اولین دوره کارشناسی پیوسته در گرایش مرتع و آبخیزداری از سال 1389 در این دانشکده آغاز شد. در سال ۱۳۹۰ مرکز آموزش عالی اردکان به مجتمع آموزش عالی اردکان و در سال ۱۳۹۲ به دانشگاه اردکان ارتقا یافت که به تدریج نام این دانشکده به دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی تغییر پیدا کرد و علاوه بر دوره‏‌های کارشناسی پیوسته و ناپیوسته رشته مهندسی منابع طبیعی گرایش مرتعی و آبخیزداری و همچنین بیابان زدایی (که در حال حاضر به نام مهندسی طبیعت شناخته می­شود) و کارشناسی ارشد در رشته­های مرتع­داری، آبخیزداری، بیابان­‌زدایی (که در حال حاضر به نام مدیریت و کنترل بیابان تغییر نام داده)،  دوره‌‏های کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته‌های مهندسی اقتصاد کشاورزی، علوم و مهندسی باغبانی، علوم و مهندسی محیط زیست، علوم و مهندسی آب به مجموعه رشته‏‌های این دانشکده اضافه شد. در طول سال‏‌های گذشته، بزرگوارانی چون دکتر محمدعلی حکیم‌زاده اردکانی، دکتر علی طالبی، دکتر احمد فتاحی اردکانی، دکتر مجید صادقی‌نیا، مرحوم دکتر محمد حسین حکیمی میبدی، دکتر علی فتح‌زاده، دکتر سمیه سلطانی گردفرامرزی و دکتر مسعود فهرستی ثانی در دوره های پیشین، مسئولیت دانشکده را بر عهده داشته‏‌اند. دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی در حال حاضر با دارا بودن انواع آزمایشگاه‌های تخصصی مانند کارتوگرافی، زمین شناسی و ژئومورفولوژی، گیاه‌­شناسی، کشت بافت، گیاهان دارویی و معطر، خاک­‌شناسی، هیدرولوژی،  و ... در حوزه کشاورزی و منابع طبیعی و همچنین گلخانه و مزرعه تحقیقاتی در پنج رشته کارشناسی در مجموع ۳۲۸ دانشجو و در ۱۵ گرایش کارشناسی ارشد، ۲۳۰ دانشجو، به عنوان قدیمی‌ترین دانشکده دانشگاه اردکان مشغول به فعالیت آموزشی و پژوهشی است.